Review of bristly ground squirrels Xerini and a generic revision in the African genus Xerus



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Supplemental material

A review of bristly ground squirrels Xerini and a generic revision in the African genus Xerus

Boris Kryštufek, Ahmad Mahmoudi, Alexey S. Tesakov, Jan Matějů and Rainer Hutterer



DOI 10.1515/mammalia-2015-0073
Supplemental Appendix 1: Species and GenBank accession numbers for cytochrome b sequences used in phylogenetic reconstructions.
Tribe Xerini: Atlantoxerus getulus: KT3593501). Euxerus erythropus: HQ45078312), HQ45078212), HQ45078112), DQ01040210), DQ01040110). Geociurus inauris: DQ01037110), AY45268910), DQ01036710), DQ01037410), DQ01038010), DQ01038110), DQ01035810), DQ01035910), DQ01036410), DQ01038610), DQ01038210). Geociurus princeps: DQ01039210), DQ01039610), DQ01039710), DQ01039810), DQ01039510). Spermophilopsis leptodactylus: AF1578659). Xerus rutilus: AY45269010), DQ01039910).
Subtribe Spermophilina: Callospermophilus lateralis: AF1578879), AF1579509). Callospermophilus madrensis: AF1579469), AF1579479). Callospermophilus saturatus: AF1579169), AF1579179). Cynomys mexicanus: AF1578429), AF1578479), AF1578419). Ictidomys mexicanus: AF1578529), AF1578539). Ictidomys tridecemlineatus: AF1578709), AF1578779), JX0473056), JX0473066). Notocitellus adocetus: AF1578439), AF1578449). Notocitellus annulatus: AF1578499), AF1578519). Otospermophilus atricapillus: AF1579449), AF1579459). Otospermophilus beecheyi: AF1579189), AF1579199). Otospermophilus variegatus: AF1578549), AF1578609), AF1578789). Spermophilus alashanicus: AF1578689). Spermophilus citellus: FJ71545211), FJ71545011), FJ71545811), AF1578599), AM6916348), AM6916358), AM6916398). Spermophilus dauricus: AF1578719), AF1578999). Spermophilus erythrogenys: AF1578559), AF1578569), AF1578579). Spermophilus fulvus: AF1579089), AF1579139). Spermophilus major: AF1579039). Spermophilus musicus: AF1579009), AF1579049). Spermophilus pallidicauda: AF1578669), AF1578699). Spermophilus pygmaeus: AF1579079), AF1579109). Spermophilus relictus: AF1578679), AF1578769). Spermophilus suslicus: AF1578959), AF1578979), AF1578989). Spermophilus taurensis: AM6916908), AM6916918), AM6916928), AM6916958), AM6916948), AM6916938), AM6916968). Spermophilus xanthoprymnus: AF1579029), AF1579099). Urocitellus armatus: AF1578509), AF1579019). Urocitellus beldingi: AF1578819), AF1579519). Urocitellus brunneus: AF1578849), AF1579529), AF1578869), AF1578839). Urocitellus columbianus: JF3145097), AF1578829), AF1579399), AF1579429), AF1579439). Urocitellus elegans: AF1578399). Urocitellus parryii: JF3144607), JF3144617), JF3144657), JF3144347), JF3144517), JF3144537), JF3144547), JF3144777), JF3144777), JF3144967), JF3145067), JF3144987), JF3144997), JF3144867), AY4280165), AY4280125), AY4280215), AY4280115), AY4279775), AY4279785), AY4280065), AY4280075), AY4279905), AY4279955), AY4279965), AY4279975), AY4279815), HM2047134). Urocitellus richardsonii: JF3145077), JF3145087), AF1578917), S7315013), AF1579149), AF1579159). Urocitellus townsendi: AF1579209), AF1579389), AF1578889), AF1578899), AF1578809), AF1579499). Urocitellus undulatus: AF1579069), AF1579129). Urocitellus washingtoni: AF1579369), AF1579379). Xerospermophilus mohavensis: FJ9653142), FJ9653152), FJ9653172). Xerospermophilus perotensis: AF1578409), AF1579489), JX0473016), JX0473036), JX0473026). Xerospermophilus tereticaudus: FJ9653192), FJ9653232), FJ9653262), FJ9653242), FJ9653332). Xerospermophilus spilosoma: AF1578859), AF1579119), JX0473006).
Family Gliridae (the outgroups): Dryomys nitedula: AJ2251163). Eliomys quercinus: AJ2250303). Glis glis: AJ2250313). Graphiurus murinus: AJ2251153). Muscardinus avellanarius: AJ2251173). Glirulus japonicus: AB21883514).

References: 1)Present study. 2)Bell et al. 2010. J. Biogeography 37: 363–378. 3)Bentz and Montgelard. 1999. J. Mamm. Evol. 6: 67–83. 4)Cook et al. 2010. J. Mammalogy 91: 1401–1412. 5)Eddingsaas et al. 2004. J. Mammalogy 85: 601–610. 6)Fernandez. 2012. J. Mammalogy 93: 1431–1439. 7)Galbreath et al. 2011. Evolution 65: 1879–1896. 8) Gündüz et al. 2007. Mol. Phyl. Evol. 43: 916–935. 9)Harrison et al. 2003. J. Mamm. Evol. 10: 249–276. 10)Herron et al. 2005. Mol. Phyl. Evol. 31: 1015–1030. 11)Krystufek et al. 2009. Heredity 103: 129–135. 12)Olayemi et al. 2011. Wildlife Res. 38; 696–716. 13)Thomas and Martin. 1993. Mol. Phyl. Evol. 2: 330–336. 14)Yasuda et al. 2007. J. Zool. Syst. Evol. Res. 45: 155–162.




Supplemental Appendix 2: List of museum vouchers examined in this study.
Collections with acronyms (abc):

AMNH – American Museum of Natural History, New York, USA.

NHML – Natual History Museum London.

NMNH – National Museum of Natural History, Washington D. C., USA.

NMW – Natural History Museum Vienna, Austria.

PMS – Slovenian Museum of Natural History, Ljubljana, Slovenia.

SMF – Senckenberg Nature Museum and Research Institute, Frankfurt a. M., Germany.

SZM – Siberian Zoological Museum, Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia.

ZFMK Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig, Bonn, Germany.

ZMSP – Zoological Museum, Zoological Institute, Russian Academy of Sciences, St. Petersburg, Russia.


Atlantoxerus getulus (n = 37)

Morocco. Abri de Tazzouguert, 20 km northest of Boudenib: 3 males (NMW 28080, 28084, 28085). Agadir, Aouinet, 20 km north of Torkoz: 2 females (NMNH 470894, 470896). Agadir, 6 km south-east of Tafraoute: 1 female, 2 males (NMNH 470917, 470918, 470920). Aguelmouss: 1 male (NMW 28085). Antiatlas, south of Agadir: 1 female (ZFMK 92.504). Bou Izakaren, south of Inezgane, Anti-Atlas: 1 male (SMF 82042). Essaouira, Sidi Kaouki: 1 male (PMS 19301). Gouffre de Friouato, 24 km southeast of Taza: 1 female (NMW 28080). Kef Aziza, 20 km northeast of Boudenib: 1 male (NMW 28081, 28082). Ouarzazate, Foun Zguid: 1 female (NMNH 470914). Ouarzazate, 7 km north-west of Tazenakht: 1 male (NMNH 470912). Oued Massa, Agadir Province: 1 unsexed (SMF 82044). 4 km south of Smimou, between Agadir and Essauira: 1 unsexed (SMF 82043). Tamri: 1 female (SMF 55883). Tarfaya, Tuisgui Remz: 2 females, 2 males )NMNH 470900, 470901, 470902, 470906). 2 km south of Tizi-n-Tichka, the High Atlas: 1 female (SMF 48688). 14 km south of Tuisgui Remz: 1 male (NMNH 470904). No locality: 1 male, 3 females (NMW 6258, 20195, 20196, 21668), 1 unsexed (ZFMK 92.523). – Spain, Canary Islands, Fuerteventura. Casillas del Angel: 1 unsexed (ZFMK 88.196). South of Corralejo: 1 male (NMW 43000). Lajares: 1 unsexed (ZFMK 88.198). Las Cañadas, north of Triquivijate: 1 female (ZFMK 88.195). Triquivijate: 1 male (ZFMK 88.197).
Euxerus erythropus (n = 61)

Burkina Faso. 17 km east of Gorgadij: 1 male, 2 females (NMNH 453018, 453019, 453020). 30 km north of Markoye: 1 female (NMNH 453017). Petoye: 1 female, (NMNH 453014). – Cameroon. Foumban: 1 male (NMW B3126). Wazza: 2 males, (ZFMK 74.283, 74.284). Wum: 1 female (ZFMK 74.285). – Congo. Pangac Uela: 1 female (NHML 19.5.8.63). Poko Uela: 1 female (NHML 19.5.8.65). – Ethiopia. Gambela: 2 unsexed (ZFMK 75.13, 75.14). No locality: 1 female, 1 unsexed (NMW B1507, B1508). No locality, 1 unsexed (NHML 69.10.24.18). – Guinea. National Park Haut Niger: 3 unsexed (ZFMK 97.467, 97.468, 97.472). – Kenya. Nairobi: 1 male (SMF 43140). – Liberia: no locality, 6 unsexed (ZFMK 59.87, 59.88, 59.89, 64.1224, 64.1225, 64.1226). – Mauritania. 3 km south of Aleg: 2 males (NMNH 401515, 401516). 8 km north Bogue: 1 female, 2 males (NMNH 401510, 401513, 401513). 6–10 km east of Nouakchott: 1 female, 1 male (NMNH 384887, 384888). – Morocco. Vicinity of Ameskroud, Sous Valley, Agadir Province: 1 female (SMF 49746). – Niger. Zinder: 2 females (NHML 21.2.11.31, 19.392.331). – Senegal. Bandia: 1 female (ZFMK 76.39). Diattacounda: 1 female (ZFMK 76.37). Matam: 1 female (ZFM 76.38). Ranerou: 1 female (NMNH 410809). – Sudan. Boma: 1 female (NHML 40.34). Costi, White Nile: 1 female, ZFMK 81.236. Darfur: 1 female (NHML 23.1.1.98). Jebel Dilling: 1 unsexed (NMW B1510). Kordofan: 1 unsexed (SMF 10733). “Soba, Blue Nile” (= 12 km north of Khartoum): 1 male (NHML 5.5.8.7). Tadoro, Nuba Mts., Kordofan: 4 females, 4 males (SMF 32700, 32701, 32702, 32703, 32704, 32705, 32709, 32710). No locality: 1 female (NHML 9.7.1.24). – Uganda. Kitgum Khna: 1 female (NHML 40.806). Kampala: 2 females (NHML 34.11.6.5, 34.11.6.6). Masindi, Bunyoro District: 1 female (NHML 66.3633). Nabumali, Central Bugisu: 1 female (NHML 67.806). – No locality. “Northeastern Africa”: 1 female, 1 male (NMW 2423, ST952). “Nubia”: 1 female, 1 unsexed (B1506, B1509). Western Africa, Gambia River: 2 females, 2 males (SMF 19612, 19622, 19638, 19639).
Geosciurus inauris (n = 31)

Botswana. 10 miles south-west of Sehitwa: 6 females, 3 males, NMNH 368041, 368042, 368043, 368045, 368046, 368047, 368049, 368052, 368053, 384887. Tsau: 3 males (NMNH 368055, 368056, 368061). – Namibia. Farm Eirup und Koms, Stampriet: 1 female (NMW 18099). Frauenstein near Windhoek: 1 unsexed (ZFMK 79.283). Between Keetmanshoop and Aroab: 2 females, 1 male (NMW 32091, 32092, 32093). Omongangua: 1 female (ZFMK 34.168). Osire: 2 females, 1 male (ZFMK 55.145, 55.146, 55.147). Nis: 1 male (ZFMK 55.532). Tsondab-Vley: 1 unsexed (ZFMK 59.397). No locality: 1 unsexed (ZFMK 63.667). – Republic of South Africa. Bloemhof, Transvaal: 1 male, 1 female (ZFMK 61.411, 61.992). Lombard Nature Reserve, Bloemhof: 2 females, 2 males (NMW 18086, 18117, 18126, 18130, 32095).
Geosciurus princeps (n = 7)

Angola. 101 km east of Mossamedes: 1 male (AMNH 86479). – Namibia. Farm Karas, 40 km north of Bethanie: 1 male (NMW 32096). Holog: 1 male (NMW 32097). Fish River Canyon: 2 females (NMW 18132, 18133). 47 km south of Warmbad: 1 female, 1 male (NMNH 379847, 379848).
Spermophilopsis leptodactylus (n = 30)

Afghanistan. Ankui: 2 females (ZFMK 92.478, 92.479). Kunduz: 1 male, 1 female (ZFMK 92.496, 92.497). – Turkmenia. Askhabad: 6 females, 6 males, 1 unsexed (AMNH 206568, SMF 79506, SZM 18297, 25622, 25623, 25624, 36770, 36784, 36785, 36786, 36787, 36788, 37452). Bagxbiz: 1 female (NMNH 545230). Chiva, Choremskaja oblast: 1 unsexed (NMW B1833). Kerkiehi: 1 female (AMNH 174336). Kushka : 1 female, 1 male (ZMSP 23754, 23752). Repetek: 1 male (ZMSP 27373). – Uzbekistan. Vicinity of Bukhara: 1 female, 2 males (ZMSP 22046, 22049, 56567). Karakul, 50 km south of Bukhara, 2 males (ZMSP 20782, 20783). Kempir-Tyube, Kyzyl Kum: 1 male (NMW 25782). Kishlak, Bogoabzal, 50 km south of Buchara: 1 female (ZMSP 20516).
Xerus rutilus (n = 15)

Ethiopia. Dare-Daona: 1 male (ZFMK 81.234). 15 miles south of Harar: 2 males (AMNH 81239, 81242). – Kenya. Horr Valley, 12 miles north of Horr: 1 male (NMNH 484005). Marsabit Rd., Hara River: 1 male (NMNH 182823). Marsabit Rd., Merele River: 2 females (NMNH 182827, 182828). Marsabit Rd., Quoy: 1 female (NMNH 182829). Sambara, Gane Lodge, Ewaso Ngiro River: 1 female, 1 male (NMNH 484008, 484009). Taita Mts., Voi River: 1 female (NMNH 182832). Ucase, Wacamba County: 1 male (AMNH 114079). Vaso Nyiro, Archer’s Pass: 1 female (NMNH 182831). – Sudan. Costi, White Nile: 1 unsexed (ZFMK 81.235). – No locality: 1 unsexed (ZFMK96.251).


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