Electrical Properties Of Thallium Antimony Disulfide (TlSbS2) Thin Films

Nowadays when technology improves rapidly, semiconductor materials play important role in electronic industry. Because of the importance of these materials, the dielectrical properties of these materials were investigated.

By the way of this purpose of investigation, we prepared samples as Al//Al form. Prepared samples were investigated within 25 Hz – 1 kHz frequency range, within 250 - 6000 thickness range and within 293 ⁰K – 373 ⁰K temperature range to determine capacitive behaviour, electric dissipation and alternative field conductivity of these materials. According to obtained results, it is thought within low frequency region a polarization mechanism that occurs in long relaxation time range. As frequency increases, other polarization mechanisms may be effective in structure.

It was observed that the relation between alternative conductivity and applied frequency obeys equation. It was determined that n coefficient values are between 0,6 - 0,8 and these values are depend on temperature. It was concluded that polarization mechanism in structure depended on temperature.

Anabilim Dalı : Fizik

Programı : Nükleer Fizik

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. Ela GANİOĞLU

Prof Dr. Baki AKKUŞ

Doç. Dr. Yeşim ÖKTEM

Prof. Dr. Metin ARIK

Prof. Dr. Bayram DEMİR
Gamow-Teller Geçişlerinde Gözlenen Kesikli Ve Rezonans Yapılar

Gamow-Teller geçişleri önemli zayıf süreçlerden biridir ve beta bozunumlarında gözlenir. Bu geçişler spin-izospin döndürme operatörü στ_± ile temsil edilir ve ΔL=0, ΔS=1 olarak karakterize edilirler. Nükleer yapı, astrofizik ve nötrino fiziğini anlamak için GT geçişlerinin B(GT) indirgenmiş geçiş güçlerini bilmek önemlidir. B(GT) ile ilgili doğrudan bilgi β_± bozunum çalışmalarından elde edilir fakat ulaşılabilen uyarılma enerjileri Q değeri ile sınırlandırılır. GT geçişleri aynı zamanda orta enerjilerde gerçekleştirilen (p,n) ve (n,p) benzeri hadron yük değişim reaksiyonları aracılığıyla da çalışılmaktadır. Geçmişte yapılan (p,n) reaksiyonlarında erişilen enerji rezolüsyonu 200-300 keV mertebesindeydi. Yüksek enerji elde etmedeki zorluk, bu tez kapsamında gerçekleştirilen (³He,t) reaksiyonları ile ortadan kaldırılmıştır.

B(GT_±) değerleri ve tesir kesitleri arasındaki yakın orantılılıktan yararlanılarak 0° saçılma açısında ve 140 MeV/nükleon hüzme enerjisi ile gerçekleşen (³He,t) reaksiyonları ile GT geçiş güçleri incelenebilir. Elde edilen “standart” B(GT_±) değeri kullanılarak GT_±) birim tesir kesiti elde edilebilir. Bu nedenle yüksek uyarılma enerjilerine olan geçişlerden B(GT_±) değerleri ölçülen tesir kesitlerinden bu orantılılık kullanılarak elde edilebilir. GT- dağılımlarını detaylı çalışabilmek için Osaka’da bulunan Nükleer Fizik Araştırma Merkezi’nde (³He,t) deneyleri gerçekleştirilmektedir. Hüzme eşleştirme teknikleri ile yüksek enerji ve saçılma açısı rezolüsyonlarına ulaşılmıştır.

Gamow-Teller geçişlerinin Zr izotopları ile çalışılması nötron g_9/2 orbitinin dolu, proton g_9/2 orbitinin boş olması nedeniyle ilginçtir. Bu nedenle, bütün kararlı Zr izotoplarından GT geçişlerinin çalışılması amacıyla uzun vadede çalışmalarımız bulunmaktadır. ⁹⁰Zr çekirdeği 40 proton 50 nötrona sahiptir. N=50 nötron sayısı sihirli sayıdır ve Z=40’da ise yarı-sihirli sayı yapısı gözlenmesi beklenmektedir. ⁹⁰Zr’dan GT geçişlerine katkı υg_9/2→πg_9/2, υg_9/2→πg_7/2 geçişlerinden gelmesi beklenmektedir. Bu tezde T=6 ⁹²Zr küresel çekirdeğinden T=5 ⁹²Nb çekirdeğine olan GT geçişleri üzerine çalışılmıştır. ⁹²Zr çekirdeği fazla iki tane nötron içerdiğinden υg_9/2→πg_9/2, υg_9/2→πg_7/2, υg_7/2→πg_9/2, υg_7/2→πg_7/2 konfigürasyonların görülmesi beklenir. Bizim ilgilendiğimiz kısım ⁹⁰Zr’ın N=50 kapalı kabuğuna nötron eklendiğinde nükleer yapının nasıl değiştiğidir. Bu nedenle Nükleer Fizik Araştırma Merkezi-RCNP’de 0° saçılma açısında 140 MeV/nükleon ⁹²Zr(³He,t)⁹²Nb reaksiyon deneyi gerçekleştirilmiştir. 30 keV’lik yüksek enerji rezolüsyonuna ulaşılmıştır. 0-0.5, 0.5-0.8, 0.8-1.2, 1.2-1.6, 1.6-2.0 açı bölgeleri için enerji spektrumları elde edilmiştir. 7 MeV’e kadar kesikli seviyeler gözlenmiş ve GT rezonans bölgesi 10-15 MeV bölgesinde gözlenmiştir. Bu hedef çekirdekteki B(GT_-) değerlerinin elde edilmesinde 92 kütle numarası için R² değerleri adı verilen sistem kullanılmıştır. B(GT) değerlerinin geçiş dağılımları sunulmuştur.

Gamow-Teller (GT) transitions are one of the important weak processes and they are observed in β decays. They are caused by the spin-isospin flip operator στ_± and charactarized by ΔL=0 and ΔS=1. It is important to know the reduced transition strength B(GT) of GT transitions for the understanding of nuclear structure, astrophysics and neutrino physics. The most direct information is obtained by a β_± decay study, but accessible excitation energies are limited by the decay Q values. The GT transitions are also studied in hadron charge-exchange reactions (CE) such as (p,n) and (n,p) reactions performed at intermediate energies. The CE reaction can access GT_± transitions at higher energies. In the (p, n) reactions performed in the past, the achieved energy resolution was of the order of 200-300 keV. The difficulty to realize high energy resolution has been overcome by the use of (³He,t) reactions.

It was shown that (³He,t) reactions at scattering angle 0° and at intermediate incident energy of 140 MeV/nucleon are good probes of GT transition strengths owing to the close proportionality between the cross sections and the B(GT_±) values. Once the "standard" B(GT_±) value is obtained from a β-decay study, the unit cross section GT_±) can be derived. Therefore, B(GT_±) values for the transitions to higher excitation energies can be determined from the measured cross sections. In order to study precise GT_- strength distributions, (³He,t) experiments have been performed at the Research Center for Nuclear Physics (RCNP), Osaka. With the complete beam matching techniques, high energy and scattering-angle resolutions have been achieved.

Studying Gamow-Teller transitions from isotopes of Zr are interesting since the neutron g_9/2 orbit is occupied and proton g_9/2 orbit is empty. Therefore, we have a long term project to study the GT transitions from all of the stable Zr isotopes. The nucleus T_z=5 ⁹⁰Zr has 40 protons and 50 neutrons, where N=50 is a magic number and at Z=40 a semi-magic structure is expected. From ⁹⁰Zr, we can expect two configurations of υg_9/2→πg_9/2, υg_9/2→πg_7/2 contribute in the GT transitions. In this thesis GT_- transitions from T_z=6 spherical nucleus ⁹²Zr to T_z=5 ⁹²Nb nucleus were studied. Since ⁹²Zr has two more neutrons we expect four configurations of υg_9/2→πg_9/2, υg_9/2→πg_7/2, υg_7/2→πg_9/2 and υg_7/2→πg_7/2. Our interest is how the nuclear structure develops when we add neutrons on top of N=50 shell closure of ⁹⁰Zr. For this purpose ⁹²Zr(³He,t)⁹²Nb reaction experiment was performed at RCNP. A high resolution of 30 keV was achieved. For the 0-0.5, 0.5-0.8, 0.8-1.2, 1.2-1.6, 1.6-2.0 angle cuts energy spectra were obtained. Discrete states were observed up to 7 MeV and GT resonance structure was observed in the 10-15 MeV region. In deriving the B(GT_-) values on this target nuclei, the systematics of so-called R² values for mass 92 was used. Strength distribution of the deduced B(GT) values are presented.

Danışman : Doç. Dr. Y. Gürkan Çelebi

Anabilim Dalı : Fizik

Programı : Genel Fizik

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Y. Gürkan Çelebi

Doç. Dr. Deniz Değer Ulutaş

Doç. Dr. Nevin Kalkan

Yrd. Doç. Dr. Saffettin Yıldırım

Yrd. Doç. Dr. Baki Altuncevahir

 

Positively Charged Ion Diffusion İn P Type Silicon

Danışman : Yrd Doç. Dr. Hulusi Kemal ULUTAŞ

Anabilim Dalı : Fizik

Programı : Genel Fizik

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. H. Kemal ULUTAŞ

Prof. Dr. Nurten ÖNCAN

Doç. Dr. Nevin KALKAN

Doç. Dr. Hüseyin DELİGÖZ

Yrd. Doç. Dr. Saffettin YILDIRIM

Danışman : Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

İkinci danışman Doç. Dr. Şebnem ERÇELEN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Tuncay ORTA

Prof. Dr. Seyhan ALTUN

Doç. Dr. Gül ÖZCAN ARICAN

Doç. Dr. Leman YALÇINTEPE GÜNEŞTURAR


Yeni Sentezlenen Dna Nanotaşiyicilarinin Gen Salim Amaciyla Hücre Transfeksiyonu Ve Toksisitelerinin İncelenmesi

Gen terapisi, genetik ya da edinilmiş hastalıkların tedavisi amacıyla, hedef hücrelere terapötik genlerin vektör adı verilen bir DNA taşıyıcısı aracılığıyla aktarımı ve aktarılan genlerin ekspresyonu temeline dayanır. Bu aşamaların gerçekleşmesi sırasında vektör, transfeksiyon verimini etkileyen çeşitli hücresel bariyerler ile karşılaşır. Gen terapisinde kullanılacak vektörün hücresel bariyerleri aşarak; hücreleri en düşük toksisite ile en etkili şekilde transfekte etmesi arzu edilir. Bu nedenle uygun vektörün seçimi oldukça önemlidir. Gen terapisinde viral ve viral olmayan olmak üzere iki temel vektör sınıfı olmasına rağmen, viral olmayan vektörlerin birçok üstünlüğe sahip olmalarından dolayı bu çalışmada viral olmayan, yeni sentezlenmiş ve BG-2 olarak adlandırılmış oligoelektrolit temelli kopolimer tercih edilmiştir.

Bu tez çalışmasında yeni sentezlenmiş BG-2 oligoelektrolitinin transfeksiyon aşamalarında karşılaşılan bariyerleri aşabilme yeteneği, insan serviks epiteloid karsinoma HeLa, insan nöroblastoma SH-SY5Y ve sıçan C6 glioma olmak üzere üç farklı hücre soyu üzerindeki transfeksiyon verimi ve toksik etkisi incelenerek başta kanser olmak üzere birçok genetik ya da edinilmiş hastalıkların tedavisi için gen terapisinin başarısının arttırılması amaçlanmıştır. Ayrıca transfeksiyon aşamalarının aydınlatılması ve bu konuda literatürde mevcut olan eksikliklerin giderilmesine katkıda bulunulması hedeflenmiştir.

BG-2 oligoelektrolitinin 9-(dietilamino)-5H-benzo[R]fenoksazin-5-on (Nil kırmızısı) floresans probu aracılığıyla kiritik misel konsantrasyonu (CMC), DNA molekülü ile oluşturduğu kompleks yapısı ise 1,1'-(4,4,8,8-tetrametil-4,8-diazaundekametilen)bis-4-[[3-metilbenz-1,3-okzazol-2-il]metilidin]-1,4-dihidroquinolinyum] tetraiodid (YOYO-1) probunun floresansından yararlanılarak floresans spektrometrede belirlendi. DNA/BG-2 kompleksinin boyutu Nanosizer boyut ölçüm cihazı aracılığıyla tespit edildi. DNA/BG-2 kompleksinin anyonik 1,2-dimiristoil L-α-fosfatidil-DL-gliserol (DMPG) ve nötral 1,2-dimiristoil-sn–glisero-3-fosfokolin (DMPC) model mebranları ile etkileşimleri etidyum bromür floresansında (EtBr) meydana gelen değişimlerin floresans spektrometrede izlenmesi ile incelendi. BG-2 molekülü ile kompleks halinde bulunan DNA molekülünün, Deoksiribonukleaz I (DNaz I) ve serumda bulunan nukleazların aktivitesine karşı direnci agaroz jel elektroforezinde belirlendi. HeLa, SH-SY5Y ve C6 glioma hücre soyları yeşil floresans protein (GFP) kodlayan pEGFP plazmidi ve lusiferaz enzimini kodlayan pGL4.51 plazmidi ile transfekte edildi. BG-2 oligoelektrolitinin transfeksiyon verimi; GFP ekspresyonunun floresans invert mikroskopta görüntülenmesi ve lusiferaz gen ekspresyonunun luminometrede ölçülmesi ile belirlendi. BG-2’nin transfeksiyon veriminin yanısıra 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difeniltetrazolyum bromid (MTT) ve Bikinkoninik asit (BCA) yöntemi ile hücreler üzerindeki toksik etkisi de incelendi.

BG-2 oligoelektrolitinin üç farklı hücre soyu üzerindeki transfeksiyon verimi incelendiğinde, en etkili HeLa hücrelerini transfekte ettiği, C6 glioma hücrelerini ise transfekste edemediği görüldü. BG-2’nin hücreler üzerinde toksik etki gösterdiği görülmesine rağmen; DNA ile BG-2 arasında kararlı ve küçük boyutlu komplekslerin oluşumu, oluşan komplekslerin model membranlar ile etkileşim profillerinin arzu edilen düzeyde olması, ayrıca BG-2’nin DNA’yı nukleaz aktivitesine karşı koruması BG-2 oligoelektrolitinin hücresel bariyerleri aşabildiğini göstermektedir. Bu sebeple, BG-2 oligoelektrolit yapısında uygulanacak küçük değişiklikler ile BG-2’nin gen terapisinde kullanıma uygun olacağı düşünülmektedir.

Cell Transfectıon And Cytotoxıcıty Studıes Of Newly Synthesızed Dna Nanocarrıers For Gene Delıvery

Gene therapy is based on transferring therapeutic genes into the targeted cells via DNA carriers called as vector and expression of these genes to cure genetic and acquired diseases. During this process vector encounters cellular barriers which effects transfection efficiency. Vector planned to use for gene delivery is desired to overcome cellular barriers and to achieve transfection of cells with high efficiency and low cytotoxicity. As a result, selection of appropriate vector is highly important. Although there are two major class of vectors such as viral and non viral vectors in gene delivery; non-viral, newly synthesized oligoelectrolyte based copolymer which is called as BG-2 was chosen since non-viral vectors have many advantages over viral-vectors.

In this thesis study it was aimed to improve potency of gene therapy to cure especially cancer and other genetic or acquired diseases by studying the ability of newly synthesized BG-2 oligoelectrolyte to overcome cellular barriers, and to determine efficiency of transfection and cytotoxic effects of oligoelectrolyte on three different cell lines, human cervix epiteloid carcinoma (HeLa), human neuroblastoma SH-SY5Y and rat C6 glioma. Moreover, it was objected to enlighten the transfection steps and to fulfill the missing parts in literature dealing with this subject.

Critical micellar concentration (CMC) of BG-2 oligoelectrolyte was determined by 9-diethylamino-5H-benzo[a]phenoxazine-5-one, (nile red) fluorescence characteristics and complex formation of DNA with BG-2 was determined by monitoring the changes on 1,1'-(4,4,8,8-tetramethyl-,8-diazaundecamethylene)bis-4-[(3-methylbenz-1,3-oxazol-2-yl)methylidine]-1,4-dihydroquinolinium] tetraiodide (YOYO-1) fluorescence characteristics with the help of flourescence spectrometer. Size of DNA/BG-2 complex was measured by Nanosizer. Interaction between anionic 1,2- dimyristoyl L- α-phosphatidyl-DL-glycerol (DMPG) or neutral 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine (DMPC) model membranes and DNA/BG-2 complex was studied by monitoring the changes on ethidium bromide (EtBr) fluorescence characteristics by using flourescence spectrometer. Sensitivity of DNA molecule, complexed with BG-2, against deoxyribonuclease I (DNase I) and serum nucleases was determined by agarose gel electrophoresis. HeLa, SH-SY5Y and C6 glioma cells were transfected with green fluorescent protein (GFP) encoding pEGFP plasmid and luciferase enzyme encoding pGL4.51 plasmid. Transfection efficiency of BG-2 oligoelectrolyte was determined by monitoring GFP expression by fluorescence invert microscope and measuring the luciferase gene expression by luminometer. Besides the transfection efficiency of BG-2, the toxicity of oligoelectrolyte on cells was also examined. Cytotoxicity was assessed by 3-(4,5-dimethylthiazolyl-2)-2, 5-diphenyltetrazolium bromide MTT ve Bicinchoninic acid (BCA) method.

Transfection efficiency of BG-2 oligoelectrolyte on three different cell lines was analysed and it was observed that BG-2 transfected HeLa cells with highest rate, transfection of C6 glioma cells was not achieved with BG-2 oligoelectrolyte. Although BG-2 showed some toxic effect on the cells, it was also observed that BG-2 oligoelectrolyte was successful to overcome cellular barriers by forming stable and small sized complexes with DNA, interacting with model membranes in a desirable manner and protecting DNA from nuclease activity. As a result, with small modifications on BG-2 oligoelectrolyte structure, it can be suitable for gene delivery applications in the future.
  

SARIKAYA Güner

Danışman : Doç.Dr. Ömür KARABULUT BULAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Genel Biyoloji

Mezuniyet Yılı : 2011

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Ömür KARABULUT BULAN

Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Refiye YANARDAĞ

Prof. Dr. Seyhan ALTUN

Doç. Dr. Gül ÖZCAN ARICAN

Alüminyum dünyada yaygın olarak bulunan metallerden biridir. Günümüzde endüstriyel gelişmeler ve kirlenmelere bağlı olarak alüminyum besinler, su, hava ve çeşitli ilaçlar yoluyla insan vücuduna daha çok alınmaya başlandı. Alüminyumun, vücut dokularında serbest radikal üretimi ve lipid peroksidasyonu yoluyla oksidatif strese yol açarak, hedef organlarda hasara yol açtığı çeşitli çalışmalarla gösterilmiştir. Ayrıca bağırsaktaki mukozal hasar sonucu oluşan iltihaplı hastalıklarda alüminyumun rol alabileceğini gösteren literatürler bulunmaktadır. Alüminyum toksisitesi ile ilgili birçok çalışma olmasına rağmen, alüminyumdan kaynaklanan hasarın mekanizmaları henüz açıklanamamıştır.

Biyolojik sistemlerde prooksidan/antioksidan dengenin bozulmasıyla oluşan oksidatif stres, birçok patolojik durumla ilişkilendirilmektedir. Organizma, prooksidan etki gösteren serbest radikallere karşı antioksidan ajanlarla kendini korur. Melatonin (N-asetil-5-metoksitriptamin) epifiz bezinden salgılanan ve serbest radikalleri azaltabilen güçlü bir antioksidandır. Ayrıca melatonin antioksidan enzimlerin aktivitesini ve ekspresyonunu arttırma yeteneğindedir. Çeşitli çalışmalarda doku hasarı üzerinde melatoninin koruyucu bir role sahip olduğu gösterilmiştir. Çalışmamızda ince bağırsakta alüminyum etkisiyle oluşan hasarın mekanizmalarını ve bu hasar üzerinde melatoninin koruyucu özellik gösterip göstermediğini histolojik, immünohistokimyasal ve ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) yöntemleriyle ortaya koymayı amaçladık.

Yaptığımız bu çalışmada, toplam 40 adet ergin erkek Wistar albino sıçan kullanıldı. Deney hayvanları beş gruba ayrıldı. Birinci gruba kontrol olarak serum fizyolojik, ikinci gruba melatoninin kontrolü olarak etanol+serum fizyolojik, üçüncü gruba melatonin, dördüncü gruba alüminyum sülfat (Al₂(SO₄)₃) ve beşinci gruba da alüminyum sülfat (Al₂(SO₄)₃) ile birlikte melatonin bir ay süreyle haftada üç kez enjeksiyon yoluyla verildi. Jejunumdan alınan doku örnekleri histolojik incelemeler için Bouin fiksatifi ile fikse edildi. Parafin bloklardan alınan doku kesitlerine Hematoksilen & Eosin (HE), Masson’un üçlü boyası ve Periodik Asit Schiff (PAS) reaksiyonu uygulandı. Formalin ile fikse edilmiş doku kesitlerine metallotionein (MT) ve Ki-67 immünohistokimyası uygulandı. Biyokimyasal olarak miyeloperoksidaz (MPO) ve total glutatyon (GSH) değerleri ELISA yöntemiyle tayin edildi.

Alüminyum uygulaması ince bağırsak dokularında histolojik olarak dejeneratif değişikliklere yol açtı. MT uygulamasında MT pozitif kript hücre sayısında artış gözlenirken, Ki-67 uygulamasında Ki-67 pozitif kript hücre sayısında azalış gözlenmiştir. Ayrıca alüminyum, MPO değerlerinde artışa, GSH değerlerinde azalışa sebep olmuştur. Melatonin uygulandığında bu bulgular kontrol bireylerdeki değerlere yakın sonuçlar göstermiştir. Sonuç olarak alüminyumun neden olduğu ince bağırsak toksisitesi üzerinde melatoninin koruyucu etkiye sahip olduğunu söyleyebiliriz.