Shahsiy hayotida Li Kuan Yu Singapurdagi Raffles kollejida o‘qiyotganda tanishgan Kva Geok Chu (1920–2010) bilan turmush qurgan. Oilaning uchta farzandi bor edi - ikki oʻgʻil va bir qiz (Li Syan Lun, Li Vey Ling va Li Syan Yang). Li shuningdek, Britaniyaning Singapurdagi mustamlakachilik hukmronligidan voz kechishi uchun kampaniya olib bordi va 1962 yilda milliy referendum orqali Indochinadagi boshqa sobiq Britaniya hududlari bilan birlashishga erishdi va Malayziya Federatsiyasini tashkil qildi. Biroq, irqiy nizolar va mafkuraviy tafovutlar Singapurning ikki yildan keyin Malayziyadan ajralib chiqishiga va suveren shahar-davlatga aylanishiga olib keldi.
1954 yilda u bosh kotib lavozimida ishlagan mo‘tadil sotsial-demokratik Xalq harakati partiyasini (XAP) tuzdi va 1959 yilda uni hokimiyat tepasiga keltirdi.
1959 yildan 1990 yilgacha Singapur Bosh vaziri lavozimida ishlagan. 1990 yildan 2004 yilgacha Goh Chok Tong hukumatida katta vazir bo‘lgan. 2004 yildan 2011 yilgacha u o‘g‘li Li Syan Lun hukumatida vazir-ustoz (ustoz) bo‘lib ishlagan.
Li Kuan Yu Singapur “iqtisodiy moʻjizasi” yaratuvchilardan biriga aylandi. Uning rahbarligida Singapur kambagʻal, iqtisodiy jihatdan qoloq uchinchi dunyo davlatidan aholi jon boshiga yalpi ichki mahsulot hajmi boʻyicha dunyoning eng boy davlatlaridan biriga aylandi (qarang. Li Kuan Yu rahnamoligida Singapur modernizatsiyasi).
U ingliz, malay va xitoy tillarini va asosiy yapon tillarini bilardi.
1996 yil mart oyida u yurak operatsiyasidan o‘tdi.
2015-yilning 5-fevralida 91 yoshli Li Kuan Yu o‘tkir pnevmoniya bilan kasalxonaga yotqizilgan va ventilyatorga yotqizilgan. 18-22 mart kunlari uning sog‘lig‘i og‘ir deb baholandi. 2015 yil 23 mart kuni Singapur vaqti bilan soat 03:18 da Li Kuan Yu 92 yoshida Singapur umumiy kasalxonasida vafot etdi. Li Kuan Yuning vafoti munosabati bilan Singapur hukumati rahbari Li Syan Lun 2015-yilning 23-29-martigacha davom etgan yetti kunlik milliy motam eʼlon qildi. Dafn marosimi 2015-yil 29-mart kuni mahalliy vaqt bilan soat 14:00 da bo‘lib o‘tdi. O‘sha kuni kechqurun u Mandai krematoriyasida o‘tkazilgan shaxsiy marosimda kuydirildi.
Mukofotlari Avliyo Maykl va Jorj ordeni ritsarining Buyuk xochi (1972, Buyuk Britaniya).
“Shon-sharaf ritsarlari” ordeni (1970, Buyuk Britaniya).
Paulownia guli ordeni (2015 yil 23 mart, Yaponiya, vafotidan keyin).
1-darajali Quyosh ordeni (1967, Yaponiya).
Johor toji ordeni buyuk qoʻmondoni (1984, Johor, Malayziya).
“Shon-sharaf” ordeni (2013 yil 10 sentyabr, Rossiya) - Rossiya Federatsiyasi bilan do‘stlik va hamkorlikni mustahkamlash, ilmiy va madaniy aloqalarni rivojlantirishga qo‘shgan ulkan hissasi uchun.
Do‘stlik ordeni (2009 yil 7 noyabr, Rossiya) - Rossiya-Singapur munosabatlarini rivojlantirishga qo‘shgan ulkan hissasi uchun.
1-darajali “Do‘stlik” ordeni (2011, Qozog‘iston).
“Shon-sharaf” ordeni (2009 yil 16 sentyabr, Armaniston) - Armaniston va Singapur o‘rtasidagi hamkorlikni o‘rnatish va rivojlantirishga qaratilgan faoliyati uchun.
“Qozog‘iston Respublikasi mustaqilligiga 20 yil” medali (2011, Qozog‘iston).