Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı 1

SÖNMEZ Ayşe

Danışman : Prof. Dr. Erhan GÜZEL

Anabilim Dalı : Matematik

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Erhan GÜZEL

Prof. Dr. Bedriye M. ZEREN

Prof. Dr. Ekrem SAVAŞ

Prof. Dr. Yılmaz ALTUN

Prof. Dr. Müfit GİRESUNLU

Konik Metrik Uzaylarda Kompaktlığın Dizisel Tanımları

Bu tez çalışmasında, ilk olarak, konik metrik uzaylarda bazı temel sonuçlar ispatlandı. İkinci olarak, normal koniğe sahip konik metrik uzayda bir alt kümenin kapalı olması için gerek ve yeter koşul belirlendikten sonra normal koniğe sahip her konik metrik uzayın parakompakt olduğu ispatlandı. Üçüncü olarak, konik normlu uzay kavramı verildi ve bazı temel özellikler gösterildi. Son olarak, konik normlu uzaylarda ağırlıklı ortalamalar kavramı tanıtıldı ve bu metodların regülerlik koşulu verildi.
  

Sequential Definitions of Compactness in Cone Metric Spaces

In this work, firstly, some fundemantal results in cone metric spaces are proved. Secondly, it is proved that cone metric space with normal cone is paracompact after determining a necessary and sufficient condition for a subset of a cone metric space with normal cone to be closed. Thirdly, the concept of cone normed space is given and some basic properties are shown. Lastly, weighted means in cone normed spaces are introduced and a regularity condition of such methods is given.

DEĞER Özkan

Danışman : Prof.Dr. Bedriye M. ZEREN

Anabilim Dalı : Matematik

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Bedriye M. ZEREN

Prof.Dr. Müfit GİRESUNLU

Prof.Dr. Abbas AZİMLİ

Prof.Dr. Nazım SADIK

Prof.Dr. Hüseyin ÇAKALLI

Polihedral Dahil Etmelerde Optimallik İçin Gerek ve Yeter Koşullar

Bu tez çalışmasında, yerel dual dönüşüm kavramı kullanılarak iki farklı konveks optimizasyon probleminin çözümü için optimallik koşulları belirlenmiştir. Özel olarak, ele alınan problemlerde kümeler ve içermeler polihedraldir. Üstelik problemlerden biri diskret zamanlı polihedral diskret içermeli bir sistem, Mayer tipindeki diğer problem ise sürekli zamanlı polihedral diferansiyel içermeli bir sistem yardımıyla verilmektedir. Her iki problemde de polihedral içermeler küme-değerli dönüşümler yardımıyla tanımlanmışlardır. Son olarak, birden fazla küme-değerli dönüşüm ile tanımlanmış diskret içermeli bir konveks optimizasyon probleminin optimallik koşullarını belirlemek için onların bileşkeleri kullanılarak yeni bir yöntem verilmektedir.

In this work, using by the concept of local dual mapping, the optimality conditions for solution of two different convex optimization problems are determined. Specifically, the sets and the inclusions in the considered problems are polyhedral. Furthermore, one of the problems is given by a discrete inclusions system with discrete time and the other one which Mayer type is given by a differential inclusions system with continuous time. The polyhedral inclusions in each problem are defined by a set-valued mapping. Finally, it is given a new method to determine the optimality conditions for convex optimization problem with discrete inclusions described by more than one set-valued mapping using by their composition.

Danışman : Prof. Dr. Şule ARI

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof Dr. Şule ARI (Danışman)

Prof. Dr. Güler TEMİZKAN

Prof. Dr. Beyazıt ÇIRAKOĞLU

Prof. Dr. Sezai TÜRKEL

Prof. Dr. Nihan ÜNALTUNA

Astragalus Chrysochlorus’da Fenilpropanoid Metabolik Yoluna İlişkin Genomik Analizler

Bu çalışmada, stres koşulu olarak seçilen ve bir elisitör olan maya özütünün fenilpropanoid metabolizması, özellikle de bu metabolizma yolunda iş gören P450 genlerinin anlatımı üzerindeki etkileri, hedeflenmiş farklılık gösterimi metodu kullanılarak incelendi. Bu amaçla P450 genlerinin demir bağlanma bölgesine özgü, 3´ uca 250-400 bç uzaklıkta ürünler oluşturan ve korunmuş PFG motifine bağlanabilecek 5´ dejenere primerler kullanıldı.

Çalışmada materyal olarak kullanılan hücre süspansiyon kültürlerini elde etmek için aktif bölünme özelliğine sahip kallus kültürleri elde edildi. 0.5 mg/l 2,4-D içeren MS besiyerinde elde edilen 20 günlük kalluslardan 0.5 mg/l 2,4-D içeren sıvı MS besiyerinde öncü hücre süspansiyon kültürleri ve bu kültürlerden de 1 mg/l 2,4-D içeren MS besiyerinde hücre süspansiyon kültürleri kuruldu. Hücre süspansiyon kültürlerinde logaritmik faza giriş zamanı olarak belirlenen kültürlemenin 13. günü elisitör olarak maya özütü uygulandı ve maya özütü ile 0, 3, 6 ve 12 saat inkübe edilmiş hücre süspansiyon kültürlerinden total RNA izole edildi. 6 saat boyunca elisitör uygulanmış kültürler ve kontrollerinden izole edilen total RNA’lar kullanılarak sentez edilen cDNA’lar ile PCR yapıldıktan sonra PCR ürünleri poliakrilamid jelde ayrıştırıldı. Gen anlatımı bakımından farklılık gösterdiği belirlenen cDNA bantları jelden geri alındı. Poliakrilamid jelden geri kazanılan 56 adet cDNA’nın 37 tanesi başarılı bir şekilde PCR ile çoğaltıldı. Korunmuş P450 bölgesine ait motif taşıyan ve farklı anlatım yapan 16 bant klonlanarak dizi analizine gönderildi. Elde edilen dizi bilgilerinin TBLASTX analizi yapılarak hangi organizmada, hangi gen ya da EST (“Express Sequence Tag”)’lere benzerdikleri araştırıldı. Dizi analizleri sonucunda, fenilpropanoid metabolik yolunun ikinci enzimi ve bir P450 olan sinnamat 4-hidroksilaz (C4H), afid infeksiyonu sonucu anlatımı artan fotosistem II P680 klorofil A apoproteini, olası MerR ailesi transkripsiyon faktörü ve hipotetik bir proteinle homoloji gösteren diziler belirlendi.

Maya özütü uygulamasını takiben farklı saatlerde izole edilmiş RNA örnekleri ve yukarıda sözü edilen 4 gen dizisine ait prob ile ‘Dot’ melezleme yapıldı. ‘Dot’ melezleme sonuçlarının, C4H, olası MerR transkripsiyon faktörü ve hipotetik protein için farklılık gösterimi metodunda elde edilen verileri doğrular nitelikte olduğu belirlendi.

Gelecekte yapılacak işlevsel genomik analizleri sonunda, özellikle C4H olmak üzere MerR transkripsiyon faktör genlerine ait dizilerin tamamının belirlenmesi, A. chrysochlorus’da fenilpropanoid metabolik yolunun aydınlatılması ve fenoliklerinin artırılması yönündeki çalışmalara katkılar sağlayacaktır. Ayrıca, elde edilen sonuçların türler arasında gen homolojilerinin karşılaştırılması açısından temel bilime katkıda bulunacağı düşünülmektedir.

Genomic Analysis on Phenylpropanoid Pathway of Astragalus Chrysochlorus

In this study, the effects of yeast extract as an elicitor and stressor on phenylpropanoid pathway especially on P450 gene expression were investigated by using directed differential display. For this purpose, we used 5´ degenerate primers which are complementary to conserved motif of the P450s in the heme-binding region which is located 250-400 bp upstream of the 3´ site.

Initially, actively growing callus were obtained to establish the cell suspension cultures which were used as starting material. Actively growing callus, obtained on MS medium including 0.5 mg/l 2,4-D, were used for establishment of primary cell suspension cultures on liquid MS medium.The cell suspension cultures were established from primary cell suspension cultures in 1 mg/l 2,4-D containing MS medium. 13th day of culture was determined as the starting day of the log stage. So, total RNA was isolated from 13 –day-old cells which were incubated with yeast extract throughout 0, 3, 6, 12 h. cDNAs were sythesised from total RNAs which obtained from 6 h elicitor treated and untreated control cultures. cDNAs were used for subsequent PCR reaction and PCR products were seperated using polyacrylamid gel electrophoresis. Differentially expressed cDNA bands were recovered from gels. 37 of 56 differentially expressed bands, were succesfully amplified by PCR. Differentially expressed and conserved P450 motif contained 16 bands were sequenced after cloning. After sequencing reactions, TBLASTX analysis indicated that these sequences were homologs to a P450 cinnamate 4-hydroxylase (C4H) which catalizes second step reaction of phenylpropanoid pathway, photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein which is upregulated after aphid-infection, putative MerR-family transcriptional regulator and hypothetical protein.

Dot blotting were performed by using probes complementary to obtained gene sequences, and total RNAs isolated at different hours following yeast extract treatment. As a result, differential display results for C4H, putative MerR-family transcriptional regulator and hypotetical protein were supported by dot blotting.

Determination of C4H and MerR transcription factor complete sequences will make contributions towards studies targeting identification of phenylpropanoid metabolisim and improvement of phenolics of A. chrysochlorus. These data may also be considered to provide comparison of the homology of gene sequences between species.

AY Mustafa

Danışman : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Prof. Dr. Avni KURU

Prof. Dr. Ahmet ZEHİR

Prof. Dr. Nazlı ARDA

Prof. Dr. Günhan ERDEM
Venöz Tromboli Hastalarında Faktör VIII Gen Bölgesinin Moleküler Tanısı

Tromboz kanın damarlar içerisinde patolojik bir şekilde pıhtılaşması durumudur. Dünyada ve Türk toplumunda hastalık ve ölümlere neden olduğu bilinmektedir. Tromboz, kan akımındaki değişiklikler, damar duvar değişiklikleri, pıhtılaşma faktörleri ve bunların inhibitörlerinin kan düzeylerindeki değişiklikleri sonucu ortaya çıkmaktadır. Son yıllarda yapılan araştırmalar tedavi stratejilerinin geliştirilmesi, tromboz patogenezinin önlenmesi ve tanımlanması üzerinde yoğunlaştığından, bu çalışmalarda genellikle moleküler biyoloji ve genetik temeline dayanan teknikler kullanılmaktadır.

Tromboz patogenezi, multifaktöriyel olup çok sayıda kalıtsal ve edinsel faktörün değişik mekanizmalarla rol oynadığı karmaşık bir süreç ile meydana gelmektedir. Tromboz ile ilgili çalışmalar bugüne kadar antitrombin III, protein C ve S, faktör V, protrombin, metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) gen bölgeleri ve bu gen bölgelerindeki spesifik mutasyonlara odaklanmıştır. Bununla birlikte faktör yükseklikleri ile ilgili olarak yapılan araştırmaların birçoğu fizyolojik çalışmalardan oluşmaktadır. Bu çalışmalar, faktör VIII düzeyi yüksekliğinin tromboz ile ilişkili olduğunu ortaya çıkarmıştır. Ayrıca yüksek faktör VIII düzeylerinin kalıtılsal olduğuda birçok olguda belirtilmektedir.

Bu tez çalışmasında, çalışma grubu venöz tromboz teşhisi konulmuş 20 birey ile 20 sağlıklı kontrol bireyden oluşturuldu. Tüm bireylerin faktör VIII geni promotor bölgesi ve 26 ekson bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılıp, SSCA yöntemi ile bilinmeyen bir mutasyon ya da polimofizim taraması yapıldı.

Yaptığımız analizler sonucunda faktör VIII geni promotor bölgesinde venöz tromboz hastaları ve sağlıklı kontrol grubu bireyleri açısından, PCR sonrası yapılan SSCA poliakrilamit jel görüntülerinde herhangi bir patern farklılığına rastlamadık. Faktör VIII geninde, APC kesim yerlerinin bulunduğu ekson 8/9 ve ekson 11 bölgelerinin venöz tromboz hastaları ve sağlıklı kontrol grubu bireyleri için, herhangi bir patern farklılığına rastlamadık. APC bağlanma bölgesi olan ekson 19’da bir venöz tromboz hastasında farklı patern belirlendi. Dizileme analiz sonucunda bunun bir mutasyon ya da polimorfizm olmadığı saptandı.

Faktör VIII geninin ekson 6, ekson 13, ekson 14F ve ekson 25 bölgelerinde ise farklı paternler belirlendi. Farklı patern veren bireylerin dizileme analizi sonuçlarına göre ekson 6 ve ekson 13’te herhangi bir mutasyon ya da polimorfizm olmadığı saptandı. Ekson 14F ve ekson 25 bölgelerine ait dizileme sonuçlarında 3 bireyde belirli bölgelerinde baz değişimleri olduğu tespit edildi. 14F bölgesinde saptanan baz değişimlerinden birinin gen ürününün amino asit dizisini değiştirdiği belirlenirken, diğer 2 baz değişikliğinin amino asit dizisine etki etmediği saptandı.

Sonuç olarak, faktör VIII geni promotor bölgesi ve 26 ekson bölgesinde yapılan moleküler analizler sonucunda, faktör VIII seviyesi yüksekliği ile ilişkilendirilebilecek herhangi bir mutasyon ya da polimorfizm olmadığı tespit edildi.
Molecular Identification of Factor VIII Gene Region in Venous Thromboli Patients

Thrombosis is pathologic coagulation of blood in vessels. It is known that it leads to disease and death in the world and in Turkish population. Thrombosis results from variations in blood flow, structural changes in vessel walls, alterations in the level of coagulation factors and their inhibitors. Since the recent researches are focused on improvement of therapy strategies, prevention and identification of thrombosis pathogenesis, generally the techniques employed in these studies are based on molecular biology and genetics.

Pathogenesis of thrombosis is a complex multifactorial condition in which various hereditary and environmental factors play role. The studies focused on thrombosis until today involves antithrombin III, protein C and S, factor V, prothrombin, methylentetrahidrofolat reductase (MTHFR) gene regions and the mutations found within these gene regions. Besides, most of the researches performed about factor levels consist of physiologic studies. These studies revealed that high FVIII level is associated with thrombosis. Also, in many cases it was mentioned that high FVIII levels are inherited.

In this study, experiment groups are selected from 20 individuals with venouse thrombosis diagnosis and control groups are selected from 20 healthty individuals. FVIII gene promotor regions and 26 exon regions of all individuals were amplified by polymerase chain reaction and unknown mutation detection or polymorphism screening were made by SSCA method.

As a result of our analysis, we have not detected any different patterns in the FVIII gene promoter region of healthy individuals and venous thrombosis patients in the SSCA polyacrylamide gels which were performed after PCR. In FVIII gene, there was no pattern difference between exon 8/9 and exon 11 regions which have an APC cleavage site when venous thrombosis patients and healthy individuals were compared. A different pattern was detected from a venous thrombosis patient in exon 19 which has an APC binding region. After sequence analysis, it was found that there is not any mutation or a polymorphism.

Different patterns were detected in the exon 6, exon 13, exon 14F and exon 25 regions of FVIII gene. It was also found that there were no mutations or polymorphism in exon 6 and exon 13 according to sequence analysis of the individuals who have different patterns. Base changes were detected in specific regions of 3 individuals after the sequence analysis of exon 14F and exon 25. While one of the base changes detected in the 14F region, was found to change the amino acid sequence of the gene product, other 2 base changes were found not to affect the amino acid sequence.

As a result of molecular analysis performed on factor VIII promoter and 26 exon regions, neither any mutations nor polymorphisms related with high levels of factor VIII were detected.

AKMAN Gökhan

Danışman : Prof.Dr. AYŞEGÜL TOPAL SARIKYA

: Assoc. Prof. Dr. STUART A. MACNEILL (2. Danışman)

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr.Ayşegül TOPAL-SARIKAYA

Prof. Dr. Güler TEMİZKAN

Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Prof. Dr. Sezai TÜRKEL

Prof. Dr. Ayşe ÖZER

Schizosaccharomyces pombe’de İkili Moleküler Floresans Komplemantasyon Yöntemiyle Bazı Replikasyon Proteinlerinin Etkileşimlerinin i

n vivo Analizi

Ökaryotik hücrelerde kromozom replikasyonu, genomun nesilden nesile doğru bir şekilde aktarımı için oldukça karmaşık bir şekilde düzenlenmektedir. Son yıllarda, ökaryotlarda DNA replikasyonunun moleküler mekanizmasının anlaşılması konusunda büyük ilerlemeler kaydedilmiş olmakla beraber, replikasyonun en önemli aşamalarından biri olan DNA çift sarmalının açılmasının nasıl gerçekleştiği tam olarak aydınlığa kavuşmamıştır. Yapılan çalışmalar, MCM kompleksinin, Cdc45 ve GINS kompleksiyle beraber S fazında DNA çift sarmalının açılmasında görev aldığını göstermektedir.

Bu çalışmada, Schizosaccharomyces pombe’de replikasyonda yer alan proteinlerin birbirleriyle ilişkilerini incelemek amacıyla floresan ışıma temeline dayanan “İkili Moleküler Komplementasyon” (Bimolecular Fluorescence Complemantation, BiFC) yönteminden faydalanılarak, replikasyon proteinlerinin birbirleriyle olan ilişkilerinin in vivo olarak incelenmesi amaçlandı. Bu yöntem ile birbirleriyle etkileşime giren proteinlerin hücre içi yerleşiminin incelenebilmesi mümkün olabilmektedir. BiFC yöntemini uygulamak amacıyla, bir rekombinant sarı floresan protein olan Venüs proteininin, floresan özelliğe sahip olmayan N ve C terminal parçaları kullanıldı. Bu parçaların birbirleriyle etkileşime giren proteinlere eklendi. Bu proteinlerin etkileşimi, eklenen parçaların bir araya gelip, yeniden katlanmaları ve floresan ışımanın meydana gelmesiyle gözlemlendi.

BiFC yönteminin uygulanabilirliğini kolaylaştırmak ve S. pombe’de hedef proteinlerin C ucu bölgelerine füzyonu gerçekleştirmek amacıyla bir dizi vektör tasarlandı. GINS kompleksinin dört alt ünitesinden ikisini kodlayan: psf1, psf2 ve MCM kompleksinin altı alt ünitesinden ikisin kodlayan: mcm2, mcm4 ve cdc45 geninin yapısı, kendi genomik bölgelerinde genlerin anlatım düzeyi yabani ırk ile aynı kalacak şekilde değiştirilmeden PCR aracılı gen hedefleme yöntemi ile değişime uğratıldı.

BiFC yöntemiyle elde edilen verilere göre Psf1 ve Mcm4 proteinlerinin nukleusta tüm hücre çevrimi boyunca etkileşime girmektedir ve sadece S fazında kromatin materyaline bağlanmaktadır. Ayrıca diploid hücreler kullanılarak Mcm4 proteininin bir başka Mcm4 proteini ile etkileşimi incelendiğinde, Mcm4-Mcm4 proteinlerinin, Psf1-Mcm4 poteinlerine benzer şekilde, nukleusta ışıma gösterirken sadece S evresinde kromatin materyaline bağlandığı gösterilmiştir

Chromosome replication in eukaryotic cells is regulated in a highly complex fashion in order to stable transmission of the genom from one generation to the next. Although, there has been significant progress to be understood the molecular mechanisms of eukaryotic DNA replication in recent years, the identity of the primary activity that unwinding of the parental DNA duplex has remained unclear. Several recent reports confirm that the MCM complex associated with two partners, Cdc45 and GINS complex, is responsible for the unwinding of DNA during S phase.

In this study, we describe flourescence-based method, “Bimolecular Fluorescence Complementation” (BiFC) in fission yeast S. pombe to investigate protein dynamics and interactions between replication proteins in vivo by using. This method allows to visualization of subcellular localization of protein interactions. To apply BiFC method, N– and C- terminal fragments of non-fluorescent fragments of a recombinant yellow fluorescence protein, Venus, are fused to the interacting partners. The interaction brings the fragments together, which then fold, reassemble and fluoresce.

To facilitate the applicaton of BiFC, we designed series of vectors for easy construction of C-terminal fussion of the target protein in S. pombe. The modifications are carried out by PCR-mediated gene targeting of five genes encoding psf1 and psf2 (encoding two of the four subunit of GINS), mcm2 and mcm4 (two of the six subunits of the MCM complex) and cdc45 at the genomic level, thus resulting in the tagged yeast proteins being expressed at wild-type levels.

BiFC data indicated that Psf1 and Mcm4 interacted in the nucleus throughout the cell cycle and chromatin association occurs only during S-phase. We also analysed self-association of Mcm4 in diploid cells. As with the Psf1-Mcm4 interaction, Mcm4-Mcm4 displayed nuclear flourescence and chromatin association occurs only during S-phase.

 
HANÇER Sabri Veysel

Danışman : Prof.Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Prof.Dr. Güler TEMİZKAN

Prof.Dr. Ayşe ÖZER

Prof.Dr. Nazlı ARDA

Prof.Dr. Reyhan DİZ KÜÇÜKKAYA

ADAMTS-13 geni insanda 37 kb uzunluğundadır. 9. kromozomun q34 bölgesinde yerleşik olup, 1427 amino asitten oluşan proteini kodlamaktadır. von Willebrand Faktör (vWF)’ün Tyr842-Met843 amino asitleri arasındaki peptit bağı, dolaşımda ADAMTS-13 tarafından kesilir. Çok miktarda ve beklenmeyen büyüklükte vWF varlığı gibi patofizyolojik durumlarda bu multimerler ile platelet etkileşimleri sonucunda pıhtı oluşumununun meydana geldiği düşünülmektedir. Ailesel trombotik trombositopenik purpura (TTP) hastalarının genomik DNA örneklerinin incelenmesi ile ADAMTS-13 genindeki bazı mutasyonların enzimde işlev bozukluğuna yol açtığı saptanmıştır. TTP’deki trombozların şekilleri ve yerleri benzer bir hastalık olan antifosfolipid sendromu (AFS)’nda görülenlere benzemektedir. Bu nedenle, bu çalışmada ADAMTS-13 enziminin TTP patogenezindeki rolünden yola çıkarak AFS gelişiminde ADAMTS-13 genindeki mutasyonların katkısının olup olmadığının araştırılması, gen anlatım düzeyinin ve enziminin miktar ve aktivitesindeki değişikliklerin mutasyonlar varlığında değerlendirilmesi amaçlandı.

Bu kapsamda, 70 Primer Antifosfolipid Sendromu (PAFS) hastası ve 70 sağlıklı kontrol bireyinde ADAMTS-13 geninin, C365del, Q449stop kodonu, P475S mutasyonları restriksiyon enzim kesimi analizi (REKA) ile, C508Y mutasyonu ise DNA dizileme yöntemi ile analiz edildi. Hedef gen ADAMTS-13 ve referans gen HPRT-1’e ait mRNA’lar cDNA’ya çevirilip Q RT-PZR ile çoğaltılarak transkripsiyon aşaması, enzimin plazmadaki aktivite ve miktarı ise ELISA temelli bir yöntem kullanılarak analiz edildi.

Hasta ve kontrol grubundaki bireylerin hiçbirinde çalışılan mutasyonlar saptanmadı. ADAMTS-13 mRNA miktarının hasta grubunda, kontrol grubundakinin yarısı kadar olduğu saptandı. ADAMTS-13 enzim aktivitesi açısından kontrol ve hasta grubu arasında anlamlı bir bağlantı bulunmazken, enzim miktarı açısından oldukça anlamlı bir fark saptandı (p<0.0001). Hasta ve kontrol grubu bireylerinde enzim aktivitesi ile yaş arasında anlamlı bir fark olmadığı, fakat kontrol grubunda aktivite ile cinsiyet arasında anlamlı bir fark olduğu tespit edildi (p=0.0038). Enzim miktarı ile aktivitesi arasında korelasyon olmadığı, aynı miktar enzime sahip bireylerde aktivitenin değişkenlik gösterdiği belirlendi.

Sonuç olarak, PAFS ile ADAMTS-13 mutasyonları arasında bağlantı bulunmadı. ADAMTS-13 mRNA miktarının hasta grubunda kontrol grubuna göre yarısı kadar olması ve plazmadaki miktarının % 40 az oluşu, ADAMTS-13 geninin transkripsiyon aşamasında negatif düzenlendiği ya da promotör bölgede mutasyon/lar olduğunu veya epigenetik bir etki varlığını düşündürmektedir. Bundan başka, cinsiyetin enzim aktivitesi için önemli bir kriter olduğu da öngörülmektedir.

The İnvestigations on the Differences Of ADAMTS-13 Gene Expression and its Protein Plasma Level and the Activity in Antiphospholipid Syndrome

ADAMTS 13 gene encodes an enzyme consisting of 1427 amino acids in human. It is 37 kb long and locates on the q34 site of the 9th chromosome. The peptide bond between Tyr842-Met843 of von Willebrand factor (vWF) is physiologically cleaved by ADAMT-13 in the circulation. Under pathophysiological conditions, such as in the presence of excess amounts of unusually large vWF molecules, interaction between these multimers and platelets is thought to be caused microthrombi formation in the circulation. Analysis of the genomic DNA of patients with familial Thrombotic Thrombocytopenic Purpura (TTP) showed that some mutations on ADAMTS-13 gene are to lead to functional defects for the enzyme. The form of thrombus and their localizations in TTP patients are similar with those in antiphospholipid syndrome (APS) as a disease like TTP. For this reason, in this study was aimed to investigate whether mutations on ADAMTS-13 gene are related or not with APS and to evaluate gene expression levels and amount and activity of ADAMTS-13 in the presence of mutations.

In this context, C365del, Q449stop codon, P475S mutations of ADAMTS-13 gene were analyzed by resrtriction enzyme digestion technique and C508Y mutation was analyzed by DNA sequencing in 70 PAPS patients and 70 healthy control subjects. mRNA transcripts of ADAMTS-13 and reference gene HPRT-1 were directed to cDNA and amplified. Transcription step was analyzed by Q RT-PCR. The activity and the amount of enzyme were analyzed by an ELISA base technique.

Mutations tested in this study were not found in both patient and healthy control group. In the patient group, amount of ADAMTS-13 mRNA was found to be half of the amount of the healthy control group. In terms of ADAMTS-13 enzyme activity, although a significant association was not detected between the patient and the control group, a very significant association was detected for the amount of enzyme (p<0.0001). In the control group, activity of ADAMTS-13 enzyme was found related with gender (p=0.0038) but not related with age. There was no correlation between the amount of enzyme and activity which was detected variable in subjects that had the same amount of enzyme .

As a result, no association was detected between PAPS and ADAMTS-13 mutations. Existence of half mRNA amount of ADAMTS-13 resulted in to 40 % less amount of ADAMTS-13 in the patients. This data is thought to be that ADAMTS-13 gene is negative regulated on transcription step or mutation/s may present in the promotor region or there may be an epigenetic effect. Furthermore, gender was found to be an important criteria for the enzyme activity.

HANÇER Sabri Veysel

Danışman : Prof.Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Prof.Dr. Güler TEMİZKAN

Prof.Dr. Ayşe ÖZER

Prof.Dr. Nazlı ARDA

Prof.Dr. Reyhan DİZ KÜÇÜKKAYA


Antifosfolipid Sendromunda ADAMTS-13 Geninin Anlatımında Ve Proteininin Plazmadaki Miktarı İle Aktivitesindeki Farklılıkların Araştırılması

ADAMTS-13 geni insanda 37 kb uzunluğundadır. 9. kromozomun q34 bölgesinde yerleşik olup, 1427 amino asitten oluşan proteini kodlamaktadır. von Willebrand Faktör (vWF)’ün Tyr842-Met843 amino asitleri arasındaki peptit bağı, dolaşımda ADAMTS-13 tarafından kesilir. Çok miktarda ve beklenmeyen büyüklükte vWF varlığı gibi patofizyolojik durumlarda bu multimerler ile platelet etkileşimleri sonucunda pıhtı oluşumununun meydana geldiği düşünülmektedir. Ailesel trombotik trombositopenik purpura (TTP) hastalarının genomik DNA örneklerinin incelenmesi ile ADAMTS-13 genindeki bazı mutasyonların enzimde işlev bozukluğuna yol açtığı saptanmıştır. TTP’deki trombozların şekilleri ve yerleri benzer bir hastalık olan antifosfolipid sendromu (AFS)’nda görülenlere benzemektedir. Bu nedenle, bu çalışmada ADAMTS-13 enziminin TTP patogenezindeki rolünden yola çıkarak AFS gelişiminde ADAMTS-13 genindeki mutasyonların katkısının olup olmadığının araştırılması, gen anlatım düzeyinin ve enziminin miktar ve aktivitesindeki değişikliklerin mutasyonlar varlığında değerlendirilmesi amaçlandı.

Bu kapsamda, 70 Primer Antifosfolipid Sendromu (PAFS) hastası ve 70 sağlıklı kontrol bireyinde ADAMTS-13 geninin, C365del, Q449stop kodonu, P475S mutasyonları restriksiyon enzim kesimi analizi (REKA) ile, C508Y mutasyonu ise DNA dizileme yöntemi ile analiz edildi. Hedef gen ADAMTS-13 ve referans gen HPRT-1’e ait mRNA’lar cDNA’ya çevirilip Q RT-PZR ile çoğaltılarak transkripsiyon aşaması, enzimin plazmadaki aktivite ve miktarı ise ELISA temelli bir yöntem kullanılarak analiz edildi.

Hasta ve kontrol grubundaki bireylerin hiçbirinde çalışılan mutasyonlar saptanmadı. ADAMTS-13 mRNA miktarının hasta grubunda, kontrol grubundakinin yarısı kadar olduğu saptandı. ADAMTS-13 enzim aktivitesi açısından kontrol ve hasta grubu arasında anlamlı bir bağlantı bulunmazken, enzim miktarı açısından oldukça anlamlı bir fark saptandı (p<0.0001). Hasta ve kontrol grubu bireylerinde enzim aktivitesi ile yaş arasında anlamlı bir fark olmadığı, fakat kontrol grubunda aktivite ile cinsiyet arasında anlamlı bir fark olduğu tespit edildi (p=0.0038). Enzim miktarı ile aktivitesi arasında korelasyon olmadığı, aynı miktar enzime sahip bireylerde aktivitenin değişkenlik gösterdiği belirlendi.

Sonuç olarak, PAFS ile ADAMTS-13 mutasyonları arasında bağlantı bulunmadı. ADAMTS-13 mRNA miktarının hasta grubunda kontrol grubuna göre yarısı kadar olması ve plazmadaki miktarının % 40 az oluşu, ADAMTS-13 geninin transkripsiyon aşamasında negatif düzenlendiği ya da promotör bölgede mutasyon/lar olduğunu veya epigenetik bir etki varlığını düşündürmektedir. Bundan başka, cinsiyetin enzim aktivitesi için önemli bir kriter olduğu da öngörülmektedir.

The İnvestigations on the Differences Of ADAMTS-13 Gene Expression and its Protein Plasma Level and the Activity in Antiphospholipid Syndrome

ADAMTS 13 gene encodes an enzyme consisting of 1427 amino acids in human. It is 37 kb long and locates on the q34 site of the 9th chromosome. The peptide bond between Tyr842-Met843 of von Willebrand factor (vWF) is physiologically cleaved by ADAMT-13 in the circulation. Under pathophysiological conditions, such as in the presence of excess amounts of unusually large vWF molecules, interaction between these multimers and platelets is thought to be caused microthrombi formation in the circulation. Analysis of the genomic DNA of patients with familial Thrombotic Thrombocytopenic Purpura (TTP) showed that some mutations on ADAMTS-13 gene are to lead to functional defects for the enzyme. The form of thrombus and their localizations in TTP patients are similar with those in antiphospholipid syndrome (APS) as a disease like TTP. For this reason, in this study was aimed to investigate whether mutations on ADAMTS-13 gene are related or not with APS and to evaluate gene expression levels and amount and activity of ADAMTS-13 in the presence of mutations.

In this context, C365del, Q449stop codon, P475S mutations of ADAMTS-13 gene were analyzed by resrtriction enzyme digestion technique and C508Y mutation was analyzed by DNA sequencing in 70 PAPS patients and 70 healthy control subjects. mRNA transcripts of ADAMTS-13 and reference gene HPRT-1 were directed to cDNA and amplified. Transcription step was analyzed by Q RT-PCR. The activity and the amount of enzyme were analyzed by an ELISA base technique.

Mutations tested in this study were not found in both patient and healthy control group. In the patient group, amount of ADAMTS-13 mRNA was found to be half of the amount of the healthy control group. In terms of ADAMTS-13 enzyme activity, although a significant association was not detected between the patient and the control group, a very significant association was detected for the amount of enzyme (p<0.0001). In the control group, activity of ADAMTS-13 enzyme was found related with gender (p=0.0038) but not related with age. There was no correlation between the amount of enzyme and activity which was detected variable in subjects that had the same amount of enzyme .

As a result, no association was detected between PAPS and ADAMTS-13 mutations. Existence of half mRNA amount of ADAMTS-13 resulted in to 40 % less amount of ADAMTS-13 in the patients. This data is thought to be that ADAMTS-13 gene is negative regulated on transcription step or mutation/s may present in the promotor region or there may be an epigenetic effect. Furthermore, gender was found to be an important criteria for the enzyme activity.

ORMAN MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI
  

RIDVAN ÇÖRTÜ Mehmet

Danışman : Prof.Dr.H.Ferhat BOZKUŞ

Anabilim Dalı : Orman Mühendisliği

Programı : Silvikültür

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. H.Ferhat BOZKUŞ

Prof. Dr. Melih BOYDAK

Prof. Dr. Gülen ÖZALP

Prof. Dr. Cemil ATA

Prof. Dr. Korhan TUNÇTANER

Araştırmada, Karabük - Büyükdüz Araştırma Ormanındaki asli ağaç türlerinden karaçam ve meşenin karşılıklı büyüme ilişkileri ve bunların farklı vejetasyon birimlerindeki bazı özellikleri ele alınmıştır.

Aksoy (1978) tarafından saptanan vejetasyon birimlerinden sekiz tanesi karaçam ve meşeyi kapsamaktadır. Bu vejetasyon birimlerinden 5 tanesinde 14 örnek alan (50mX50m boyutlarında) alınmıştır. Bu örnek alanlardaki bütün bireylerin çapları ve boyları ölçülmüştür. Ayrıca her örnek alandan 3 er adet karaçam, meşe ve göknar bireyi kesilerek (toplam 126 ağaç) bunlar gövde analizine tabi tutulmuşlardır.

Karaçam 0,30 m boya 4-8 yaşlarında, 1,30 m boya 7-32 yaşlarında ulaşabilmektedir. Meşe 0,30 m boya 5-7 yaşlarında, 1,30 m boya 9-28 yaşlarında ulaşabilmektedir. Göknar 0,30 m boya 6-30 yaşlarında, 1,30 m boya 9-60 yaşında ulaşabilmektedir.

Gençleştirme çalışmalarında karaçam ve meşenin ön planda düşünülmesi gerekmektedir. Göknar, üçüncü planda düşünülmesi gereken bir türdür. Gençleştirme çalışmalarında karaçam ve meşelerin grup veya büyük gruplar halinde gençleştirilmeleri uygun olacaktır. 

Growth Relatıons of Oak (Q. Petraea Ssp. İberica (Steven Ex Bieb.) Krassilin) And Black Pine (Pinus Nigra Arn. Ssp.Pallasiana (Lamb.) Holmboe) Tree Species at Büyükdüz Research Forest

Growth relations and their some characteristics in different vegetation units of black pine, oak and fir which are three main tree species of The Karabük-Büyükdüz Research Forest were examined.

Eight of the vegetation units which comprise black pine, oak and fir species, were determined by Aksoy (1978). Five of these vegetation units were selected and, according to this, 14 sampling areas (50mX50m in dimensions) were determined. In research areas, all of the members’ diameters were measured. According to these results, diameter classes were determined, and then the heights of 3 trees locating in each diameter classes were measured. Three black pine, oak and fir trees (totally 126 as number) at each sampling area were cut and their stem analysis were done.

The black pine reaches the 0.30 m height at 4-8 years old and 1.30 m height at 7-32 years old. Oak species reaches the 0.30 m height at 5-7 years old and 1.30 m height at 9-28 years old. Fir species reaches the 0.30 m height at 6-30 years old and 1.30 m height at 9-60 years old.

The regeneration works must be carried on the black pine and oak tree species. The fir must be lastly considered species in the area. The regeneration works for black pine and oak tree species will be made as groups.


AKKAYA Muhammed

Danışman : Prof Dr M.Ömer KARAÖZ

Anabilim Dalı : Orman Mühendisliği

Programı : Toprak İlmi ve Ekoloji Anabilimdalı

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof Dr. M.Ömer KARAÖZ (Danışman)

Prof Dr Cemil CANGİR

Prof Dr Levent ŞAYLAN

Prof.Dr. Kamil ŞENGÖNÜL

Doç.Dr. Doğanay TOLUNAY

Bu çalışmada, Biga orman işletmesinin Karabiga Yarımadası mevkii - granit anakayası üzerinde yapılan fıstıkçamı ağaçlandırmalarında toprak işlemesinin ve dikim aralığının orman topraklarına yaptığı etkiyi araştırmak amacı ile, farklı yıllarda, değişik toprak işleme yöntemleri uygulanan, farklı bakı ve eğimde bulunan 75 adet örnek alan seçilerek bazı toprak özellikleri belirlenmiştir. Örnek alanlardaki ağaçların çap, boy, tepe tacı, toprağı örtme dereceleri tespit edilmiştir. Bulunan değerler ağaçlandırılmamış doğal orman örtüsü ile kaplı alanlardan alınan kontrol parsellerinin toprak özellikleri ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca ağaçlandırma alanında bulunan sedir, kızılçam, sahilçamı, fıstıkçamı türlerine ait toprak üstü ve toprakaltı bitkisel kütle ile organik madde, toplam azot, karbon miktarları belirlenmiştir.

Toprak işlemesi yapılan alanların hacim ağırlıklarının doğal alanlara göre fazla olduğu belirlenmiştir. Toprak organik maddesinin azaldığı, su tutma kapasitesinin düştüğü, ince toprak miktarının azaldığı, geçirgenliğin arttığı, toplam azotun azaldığı tespit edilmiştir.

Ağaçlandırma sahasına dikilen fıstıkçamının diğer türlere göre tek ağaç bitkisel kütle miktarının en fazla olduğu ancak geniş dikim aralığı uygulandığı için hektardaki ağaç sayısına bağlı olarak birim alandaki toplam bitkisel kütlesinin de düştüğü belirlenmiştir. Ağaçlandırılmayan alanlardaki çalı tabakası karbon üretiminin ağaçlandırılmış alanlardakine yakın olduğu, ağaçlandırma alanlarındaki ağaç tabakası bitkisel kütleyi ve karbon üretimini oldukça arttırmıştır.

Fıstıkçamının gerek tek ağaç bitkisel kütle miktarının en fazla oluşu, dolayısıyla organik madde miktarı, toplam azot ve karbon miktarının da yüksek olması, aynı zamanda meyvesinin değerli olması nedenlerinden saha için en uygun ağaç türüdür. Araştırma alanında fıstıkçamının büyümesinin doğal ve plantasyonla yetiştirilmiş diğer alanlara göre daha düşük kalması, kapalılığın çok uzun zamanda oluşmasını da beraberinde getirdiğinden uygulanmakta olan dikim aralığının sıklaştırılarak değiştirilmesi potansiyel erozyon tehlikesine karşı önerilmiştir.  
Effects of Soil Treatment Techniques And Planting Spaces on Forest Soils in Umbrella Pine Plantations (Pinus Pinea L.) of Biga Regional Forestry Directorate

In this study, some soil properties were determined within chosen 75 sampling areas where different soil preparation techniques applied on different aspect and slopes on Karabiga Peninsula - umbrella pine (Pinus pinea L.) plantation areas, to find out the effects of different soil preparation techniques and planting spaces on forest soils derived from granite. Obtained results were compared with the soil properties of control plots which covered with natural vegetation. Tree diameter and height, crown diameter and canopy closure on sample plots were determined. In addition, aboveground and root biomass, organic matter, total nitrogen and carbon contents of cedar, callabrian pine, maritime pine and umbrella pine species were also compared with each other.

Bulk density values of soils from treatment plots were higher than soils under natural vegetation-control plots. After soil treatment applications, only soil permeability increased, but, organic matter content, saturation capacity, fine soil fraction and total nitrogen content decreased.

The umbrella pine species has the highest individual tree biomass, while, it has lower biomass in area basis depending on lower tree density and wider planting space per unit area. Carbon sequestration of shrub layer on unplanted control plots was almost equal to plantation areas. Tree cover on plantation areas significantly increased the total biomass and carbon sequestration.

Umbrella pine is the most suitable tree species for plantation in research area due to its higher individual tree biomass, organic matter, total nitrogen and carbon amounts. On the other hand, lower growth capability in comparison with other natural and plantation umbrella pine areas, led to late occurrence of canopy closure, therefore, present planting spaces should be narrowed and changed against potential erosion risk in research area.

AYDIN Abdurrahim

Danışman : Prof.Dr. Hüseyin E. ÇELİK

Anabilim Dalı : Orman Mühendisliği

Programı : Orman İnşaatı ve Transportu

Mezuniyet Yılı : 2008

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Hüseyin E. ÇELİK (Danışman)

Prof.Dr. Mesut HASDEMİR

Prof.Dr. Kamil ŞENGÖNÜL

Doç.Dr. M. Emin BİRPINAR

Doç.Dr. Fatmagül BATUK

Seller can ve mal kayıplarına neden olan doğal bir afettir. Türkiye’de en çok karşılaşılan meteorolojik karakterli doğal afet % 30 ile sel ve taşkınlardır. Küresel iklim değişimi ile beraber sellerin gündelik hayatımızı daha fazla etkileyeceği bilim dünyasında ifade edilmektedir.

Çalışmanın amacı 1960’lı yıllarda DSİ (Devlet Su İşleri) tarafından etüd ve ıslah çalışmalarına başlanan Büyük Menderes Nehri havzasının sağ sahil derelerinin (Nazilli-Buldan arası), aradan geçen süre içerisinde havzaların bitki örtüsünde meydana gelen değişimin ve ıslah başarı durumunun ortaya konulması, örnek bir havzada HEC-RAS (Hydrologic Engineering Center-River Analysis System) yazılımı ile CBS (Coğrafi Bilgi Sistemi)’ye entegre taşkın simülasyonunun yapılmasıdır. Islah çalışmalarında bazı havzalarda DSİ ile OGM (Orman Genel Müdürlüğü) (açık olduğu dönemlerde AGM : Ağaçlandırma Genel Müdürlüğü) ve -kapatılmadan önce- KHGM (Köy Hizmetleri Genel Müdürlüğü) ile işbirliği yapılmıştır.

Çalışmada yan dere havzalarının sel ve taşkına olan etkisini görmek amacıyla morfometrik analizleri yapılmış, ıslah öncesi durum ve ıslah sonrası arazi örtüsünde meydana gelen değişim incelenmiş, son olarak ta bu yan derelerden Mastavra dere havzasında CBS’ye entegre HEC-RAS yazılımı ile taşkın analizi yapılmıştır.

Havzalarda nüfus değişimi incelenmiş, yukarı havzada nüfus artış hızının düştüğü, buna karşın taşıntı konisi üzerinde nüfus artış hızının arttığı saptanmıştır.

Morfometrik analizler sonucu havzalarda bazı parametrelerin yüksek olması sel ve taşkın riskinin yüksek olduğunu göstermektedir.

Islah sonrası arazi kullanımı incelendiğinde havzaların tümünde orman varlığının nitelik olarak arttığı görülmüştür. Ancak tüm havzalarda orman varlığının alansal olarak artmadığı ve hatta bazı havzalarda azaldığı belirlenmiştir.

Çok yüksek eğime sahip olan araştırma alanındaki havzalarda yanlış arazi kullanımı halen ciddi bir problem olmaya devam etmektedir. Tarımsal amaçlı olarak kullanılmaması gereken arazi sınıflarında tarım yapılmaktadır. Tarım ve tarım-açıkalan olarak kullanılan alanların % 80,78’i tarımsal amaçlı kullanılmaması gereken VI-VIII sınıf araziler üzerinde yeraldığı belirlenmiştir. Bu durum bazı havzalarda havza ıslah çalışmalarından sonra artış göstermektedir.

Mastavra dere havzasında yapılan taşkın analizi ile taşkın altında kalabilecek alanlar belirlenmiş ve haritalanmıştır.

Havzalarda ortalama yağışta önemli bir değişim olmamasına karşın ıslah çalışmalarından sonra sel ve taşkın yaşanmamıştır. Bu sonuçta yukarı havzada taşıntı barajlarıyla dere tabanlarının stabil hale getirilmesi, yamaçların orman örtüsünün ıslah planının yapıldığı yıllara oranla hem alansal olarak artması hemde verimli ormanlar haline dönüşmesi ve yukarı havzada nüfus artış hızının azalmasına bağlı olarak orman tahribinin azalması etkili olmuştur.

Torrents are the natural disasters which lead to losses lives and properties. Torrents are the most frequent meteorological origined natural disasters in Turkey with 30% occurring rate. It is assumed by scientists that the floods may possibly be more effective in our daily lives due to the possible impacts of the global climate change.

The purpose of this study is to determine the change of vegetation cover and the success of improvement works within the watersheds of the right bank tributaries of Büyük Menderes River where practices were initiated by The State Hydraulic Works (DSİ) during the 1960’s. Furthermore study involves flood simulation for a sample watershed using GIS (Geographical Information Systems) integrated HEC-RAS (Hydrologic Engineering Center-River Analysis System) software. DSİ, The General Directorate of Forestry (OGM), The General Directorate of Afforestation (AGM) (when it was on service) and The General Directorate of Rural Affaires (KHGM) (when it was on service) corporate with for some watersheds.

The morphometric analyses were conducted to observe the effects of tributaries on torrents. The situation before the improvement works and the change in the vegetation cover after the improvement works were examined. Finally flood analysis was conducted for one of these tributaries, Mastavra creek watershed, using GIS integrated HEC-RAS software.

According to population change analysis in the watersheds, it was noticed that the population increase speed within the upstream is lower than within the alluvial cone.

Based on the results of the morphometric analysis, the high levels of some parameters within the watersheds indicate the high possibility of flood risk.

The investigation of the land use situation after the improvement practices showed that the quality of the forests had increased within all the watersheds. However it was determined that the area of the forests have not increased within all the watersheds besides it have decreased within some watersheds.

The land misuse at the very steep watersheds within the research area has still been a serious problem. The agricultural practices have been conducted in the land classes which are not suitable for agriculture. The 80,78% of agriculture practised lands which are used for agricultural and agricultural-bare land purposes take place on VI-VIII land capability classess. This situation has increased within some watersheds after improvement practices.

The lands susceptible to flooding were determined and mapped based on the flood analysis conducted for the Mastavra creek watershed.

Although there was no important change in the average rainfall in the study area, flooding did not occur after the watershed improvement works. For the achievement of such a success, the stabilization of the stream beds at the upstream, the quantitative and qualitative increment of the forest vegetation cover of the hillsides compared to the years when the improvement plans were first prepared and cease of the upstream forest destruction due the decreasing of population increasing speed have played significant role.

Danışman : Prof. Dr. Ünal ASAN

Anabilim Dalı : Orman Mühendisliği

Programı : Orman Amenajmanı

Mezuniyet Yılı : 2009

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Ünal ASAN,

Prof.Dr. M. Nahit SERARSLAN,

Prof.Dr. Ayhan KOÇ,

Prof. Dr. Ahmet YEŞİL,

Prof.Dr. E.Zeki BAŞKENT

Bu çalışmada ormanların odun üretimi, rekreasyon ve hidroloji fonksiyonlarının Ekosistem Tabanlı Fonksiyonel Planlama yaklaşımına uygun şekilde işletme sınıfları ayrılarak, orman amenajmanına entegrasyonu ve bu yolla hem toplumun değişik fonksiyonlara olan taleplerinin karşılanması hem de farklı disiplinler tarafından üretilen bilimsel verilerin planlama çatısı altında nasıl bütünleştirileceğine dair bir yaklaşımın ortaya koyulması amaçlanmıştır.

Çok amaçlı planlamanın gerçekleştirilmesinde ana ilke olarak objektif ölçütlere dayalı olarak fonksiyonel işletme sınıflarının ayrılması ve meşcerelerin komşuluk ilişkilerinin planlamada gözetilmesi hedeflenmiş, yaklaşım olarak ele alınan fonksiyonlardan sağlanan toplam faydanın plan ünitesi bazında en iyilenmesine çalışılmıştır. İşletme sınıfı ayrımı gerçekleştirildikten sonra, bir kesim düzeni oluşturulup mevcut bölmeciklerin hangi periyotta gençleştirmeye sokulacağı kestirilmeye çalışılarak, Orman Amenajmanı disiplininin temel görevi olan plan ünitesinden faydalanmanın düzenlenmesine akılcı bir tarzda ve çok amaçlı kullanım yaklaşımına uygun bir şekilde çözüm üretilmeye çalışılmıştır. Planlama tekniği olarak Karışık Tamsayılı Programlama (Mixed Integer Programming) kullanılmıştır. Modellemede karar değişkeni olarak, meşcerelerden bakım kesimleri ile çıkarılacak “ara hasılat miktarları” kullanılmış ve özgün bir matematiksel model geliştirilmiştir.

Çeşitli konumsal verilerin elde edilmesinde ArcMap, matematiksel modelin çözümünde ise GAMS adlı bilgisayar programlarından faydalanılmıştır.

Altı adet örnek planlama stratejisi oluşturularak, bu stratejiler için model çıktıları değerlendirilmiştir. Stratejilerin genelinde plan ufku süresince odun üretimi artarken, rekreasyon ve su üretimi değerlerinde düşüş gözlenmektedir. Rekreasyon ve hidrolojik fonksiyon değerlerinin plan ufkunca periyodik olarak sürekli artışının amaçlanması durumunda olurlu çözüm bulunamamıştır. Su ve rekreasyon fonksiyonlarının ağırlık değerlerinin bağıl olarak yüksek oluşu gençleştirme işleminin mümkün olduğunca geç periyotlara ertelenmesine neden olmaktadır. Bu çalışma ile ekosistem tabanlı fonksiyonel planlamaya bir örnek ve ülkemizde gittikçe artan orman planlamada modelleme çalışmaları için bir yaklaşım sunulmuştur.

Multiple-use Optimisation of the Forest Resources by Means of Functional Planning Approach

This study focuses on the integration of wood production, recreation and hydrologic functions of forests to the planning procedure by means of separating working groups (management units) based on the Ecosystem-Based Functional Planning approach. By this way, meeting the demands of society to different functions and carrying out an approach of how to integrate different data generated by different disciplines under planning framework were intended to be realized.

In the realization process of multi-objective planning, separation of working groups based on objective criteria and considering adjacency relations of stands is adopted as one of the main principles and as an approach total benefit provided from the functions dealt with is tried to be maximized at the planning unit context. After the separation of working groups, harvest scheduling was tried to be established. By this way, a solution to regulation of utilization, which is the main duty of Forest Management and Planning is tried to be produced by a rational way and consistent with the multiple-use approach. Mixed Integer Programming was used as the planning technique. Amount of volume of maintenance cuttings were taken as the decision variable in the mathematical modelling and an original model is developed for multi-objective planning procedure.

ArcMap software in obtaining of some spatial data and GAMS software for the solution of mathematical model were used.

Six sample planning strategies were constituted and model outputs were evaluated according to these strategies. Generally, while wood production increases in all strategies along the planning horizon, values of recreation and hydrologic functions tend to decrease. When a strategy, which ensures the periodic increment of recreation and hydrologic value levels in the planning horizon is tried to develop, the model could not find a feasible solution. Because the weighting values of recreation and hydrologic function is relatively high, model delays the regeneration of stands as possible as to the last periods. By this study a sample to the ecosystem-based functional planning and an approach to the modelling in forest management planning is presented.